治平三年（1066），苏洵病逝，苏轼、苏辙兄弟扶柩还乡，守孝三年。三年之后，苏轼还朝。此时，震动朝野的王安石变法开始启动。
王安石变法是一件大事，先不说变法的具体内容好坏，有一点是肯定的：变法引发了党争，党争导致了政局动荡，无论哪个阵营，都有因人划线，意气用事的现象，这个局面一直持续，直到大宋亡国。从这个层面上讲，王安石变法是宋王朝败亡的祸端，应不为过。王安石曾经的朋友在这个时候大都与他决裂了，司马光曾经力荐王安石，没想到二人“议事每不合”，王安石写了著名的《答司马谏议书》导致二人从此睽违，而一般的士子也由于个人能力、政见、士林舆论，远离了王安石。果真是一朝天子一朝臣，不换脑筋就换人，保守阵营纷纷靠边站，苏轼的许多师友，包括当初赏识他的欧阳修、前朝重臣韩琦、富弼等，均因反对新法与当政政见不合，或被迫或自请，一一离京。旧雨凋零，庙堂已非昔日世界。
庙堂之上，界线分明，一派站在王安石对面，形成保守阵营，这其中多是历朝元老，不乏老成持重的政坛前辈；一派站在王安石一边，形成激进阵营，这其中多是与苏轼年岁经历相仿的“新进”，也不乏投机钻营之徒。王安石阵营需要苏轼兄弟这样年轻有为的青年才俊，几次向苏轼抛出橄榄枝。年轻、急于有所作为的神宗皇帝对意气风发的苏轼同样寄予厚望，偏殿召见，听其心声，苏轼却并没有迎合上意，而是开诚布公直抒己见。他几乎没怎么观望，便旗帜鲜明加入到保守阵营之中，这其中有他对政治和现实对判断，也是他社会常识和价值观的体现。
熙宁四年（1071），政坛已稳稳把控在王安石手中了，苏轼仍上书谈论新法的弊病，王安石颇感愤怒，于是让御史谢景温在神宗面前陈说苏轼的过失。经过一番周折，苏轼身心俱疲，朝廷之大，却难安身，只得请求出京任职，被授为杭州通判。熙宁七年（1074）秋，苏轼调往密州任知州。熙宁十年（1077）四月至元丰二年（1079）三月，在徐州任知州。元丰二年（1079）四月调为湖州知州。他在地方任职时革新除弊，因法便民，颇有政绩。这段岁月，还算顺遂，他不妄作，识时务，懂民情，体恤民间疾苦，是个不错的地方官。假如苏轼没有写诗，他在历史上也就是一个能吏，可不写诗哪里会有千古一人的苏轼啊！这段顺遂日子的背后隐藏着危机，苏轼却一无所知。
在同样的背景下，章惇却走进了王安石的变法阵营。尽管王安石开始不是很喜欢品行有问题的章惇，但用人之际，还是不得不重用章惇。
先来看看章惇加入变法阵营前后的经历：治平三年（1066），章惇受到参知政事欧阳修的赏识和推荐，召试馆职，考试合格，但因第一次登第时弃置策令事遭到知制诰王陶弹劾，未被授馆职，改任著作佐郎，御史吕景、蒋之奇以“章惇佻薄秽滥，向以擢第不高，辄丢敕诰于廷”说事，所以不除馆职，而被任命为武进县知县。是“性严重，有忠节”的李承之向王安石推荐了章惇，《续资治通鉴长编》记述王安石与章惇的相遇情形：先是，李承之荐惇于安石，安石曰：“闻惇极无行。”承之曰：“某所荐者才也，顾惇才可用耳，素行何累焉？公试与语，自当爱之。”安石见惇，惇素辩，又善迎合，安石大喜，恨得之晚，即让章惇进入集贤院。二月，王安石设制置三司条例司，任命章惇为编修三司条例官，加集贤殿校理、中书检正，参与制定新法，监修国史，编撰实录。从此，章惇与苏轼分属两个阵营。
熙宁四年（1071），章惇奉命分析渝州（重庆）夷事，并分析夔州路差役事务。制置三司条例司撤销，章惇改任检正中书户房公事，兼详定编修三司令式及诸司库务岁计条例，参与制定财政机构的法规，并被派往邠州（今陕西彬县）调查处理案件，他沿途了解陕西推行雇役新法及其他情况，提出采取粮价低时，官府大量收购，以备时用；边境无事时，将军队移往丰收地区就粮，以解决军需，这些建议得到神宗的采纳。
从熙宁五年（1072）开始，章惇被委派负责“察访荆湖北路农田、水利、常平等事”“始议经制南、北江……又使惇往密图之”，表明此次委任并不简单，意图在于对这一地区的经略活动做一些准备，并且属于秘密谋划。梅山开边作为熙宁年间的三次战争经略活动之一，是新政中的重要一环，同时也是章惇得以进入中枢部门的“敲门砖”。熙宁六年（1073），章惇在荆湖北路建立屯田务，授泾原路经略安抚使、高阳关路经略安抚使，判军器监、知制诰再兼直学士院。熙宁七年（1074），神宗命章惇就军械监置司，立专案，审查曾布所究市易事。章惇办理此案，深得神宗赏识，九月，拜为三司使。
熙宁八年（1075），王安石再次拜相。也就是在熙宁八年，苏章二人首次产生了政见矛盾。当时全国已全面榷盐，章惇建议在调查后对京东东路和河北东路进行榷盐，苏轼因为先前在杭州通判任上“每执笔断犯盐者，未尝不流涕也”，所以明确表示反对榷盐，这次在密州任上，他写下《上文侍中论榷盐书》请求文彦博出面阻止榷盐。而当时章惇担任三司使，重视在全国推广赋税公平，苏轼外任则更多考虑境内民生，正所谓屁股决定脑袋，各有立场。但此时二人并未因政见不同影响友谊。这一年宰相吕惠卿外调为陈州知州。尚留章惇在朝廷，遭御史中丞邓绾上表弹劾，致章惇出知湖州。
湖州离苏轼向往的定居地常州很近，他想起早年跟苏轼归老太湖之约定，写下了《寄苏子瞻》：
君方阳羡卜新居，我亦吴门葺旧庐。
身外浮云轻土苴，眼前陈迹付蘧鲦。
涧声山色苍云上，花影溪光罨画余。
他日扁舟约来往，共将诗酒狎樵渔。
他们共同的友人湖州人陈舜俞，写了《和章子厚闻子瞻买田阳羡却寄》：
罨画春流藻荇长，吴门菰米鳜鲈乡。
谋田问舍拙者事，寻壑买山君底忙。
出处两忘同旅寓，浊清一种付沧浪。
故人诗酒如驱使，别有甘泉绿野堂。
苏轼则写和诗《和章七出守湖州二首》，因章惇在家族同辈排行第七，所以诗题称“章七”，读来倍觉亲切。其一曰：
方丈仙人出淼茫，高情犹爱水云乡。
功名谁使三连捷，身世何缘得两忘。
早岁归休心共在，他年相见话偏长。
只因未报君恩重，清梦时时到玉堂。
诗的第一联诗称章惇爱炼丹修仙，赞他不眷恋官场，喜爱天然山水，“水云乡”是指章惇诗中水色云影里的湖州。从诗句表面看不出任何蹊跷，可是上回讲到章惇身世的一点隐秘，这一联后来被人解读为苏轼暗讽章惇不可告人的身世，从而招致了章惇绍圣期间的报复，王明清《挥麈后录》里讲的有鼻子有眼：
（章惇）既长，登第，始与东坡先生缔交。后送其出守湖州诗，首云：“方丈仙人出渺茫，高情犹爱水云乡。”以为讥己，由是怨之。……绍圣相天下，坡渡海，盖修报也。
《道山清话》虽没说章惇是父亲与外祖母乱伦所生，却同样认为这两句诗含讥讽之意，“苏子瞻尝与子厚诗，有‘方丈仙人出渺茫，高情犹爱水云乡’之语，子厚谓其讥己也，颇不乐。”后世许多文人像王士祯、翁方纲都采纳了王明清的说法。这样的穿凿附会，不仅歪曲了苏轼的诗意，更是对章惇的侮辱。苏轼确实以诗讥讽过别人的身世，并使自己为此遭到了残酷的报应，那个人是李定，绝非章惇。
第二联称赞章惇经制南北江群蛮的功业，但是到了两年以后的熙宁十年(1077)，苏轼谒见张方平，写《代张方平谏用兵书》，却痛斥章惇轻启战事，后患无穷，表达的是对采用军事行动和收复失地的不同看法，由此可见苏轼诗中的称赞多半出于客套，有些言不由衷，他这种对同一事件前后矛盾的评价，才是影响二人友谊的关键因素。
从治平四年到熙宁八年间，章惇“顺应大势”，参与修订推行新法，受到当权器重，成为新进。而同期的苏轼则在诗酒唱酬中结交了诸多旧党大族和诗坛后学，确立了在文坛的地位。苏章二人从此异途，且越走越远。
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