元丰八年（1085）三月五日，神宗皇帝带着未曾实现的“强国梦”去世了，苏轼倒霉的日子似乎随着神宗皇帝驾崩远去了，九岁的赵煦继位，是为哲宗。皇帝太小，政权由其祖母太皇太后高氏执掌。有意思的是，苏轼的风光沾了“后”的光，而他倒霉都是因为被“帝”讨厌。
高太后早就看不惯儿子的作为，一旦执掌权柄，立刻拨乱反正，召回赋闲的旧党人士司马光，恢复旧法，史称“元祐更化”。宋朝有一个很值得玩味的现象，几任摄政的太后史书上评价颇高。
政局发生变化，旧党执掌朝政，苏轼兄弟二人机会来了。元丰八年(1085)十月，苏辙为右司谏，掌管言路，次年还朝；元丰八年十二月，苏轼除起居舍人，亦于次年初还朝。
元祐初年，朝中左中右势力都还在。执掌权柄的高太后算是保守的总舵手，司马光是这个阵营的核心人物。而改革派的大将章惇，此时尚未折戟，变法对他来说是不可动摇的政治选择，他坚定不移维护变法的成果。元祐初年政局呈现胶着状态。
回到朝中的苏轼是个实用主义者，看到了新法的弊端也看到了其中合理的成分，情感偏向保守派，理智又不能完全排斥新法，他的政治立场算是中间偏右。
司马光当政后，急于拨乱反正，变法一党自然极力反对，就连同属一个阵营的苏轼也觉得司马光做得过分了。李贽《史纲评要》卷三十一简略记载了这一段史实：
诏详定役法，苏轼言于光曰：“……法相因则事易成，事有渐则民不惊。三代之法，兵农为一，至秦始皇分为二。及唐中叶，尽变府兵为长征卒。自是，农出谷币以养兵，兵出性命翌卫农，天下便之，虽圣人复出，不能易也。今免役之法，宽大类此，公欲骤罢免役而行差役，正如罢长征而复民兵，盖未易也。”光不然之。轼又陈于政事堂，谓役法可雇不可差，第不当于雇役实费之外夺取民钱耳。光色忿然。轼曰：“昔韩魏公刺陕西义勇，公为谏官，争之甚力，韩公不乐，公亦不顾。岂今日作相，不许轼尽言耶！”光谢之！对这一段史实，李贽评曰：“长公（苏轼）固析于利害，而司马到底还是个贤者！”
对于司马光这种泼脏水一块泼掉孩子的做法，以及他不听劝阻的执拗，苏轼背地里没少埋怨，他或许想到了力主变法的“拗相公”王安石，他给朋友杨元素写信，内有这样的话，“昔之君子，惟荆是师；今之君子，惟温是随。所随不同，其为随一也。老弟与温相知至深，始终无间，然多不随耳。”事实往往是屁股决定脑袋，没执政时都是好人，一旦执掌权柄，立马乾纲独断，听不得任何异议。
苏轼毕竟与司马光情感相投，他于公能够在朝堂上就事论事，慷慨直言。尽管他对司马光猛力纠错的手段很多抱怨，态度上却也毕恭毕敬，从内心深处，苏轼敬重这位一生心底无私的长者。只是在私下里戏呼司马光为“司马牛”。与苏轼不同，新党骨干章惇在议论朝政时，就没有好脸色给这位急于推翻熙宁新政的司马光了。《东都事略章惇传》载：
宣仁后临朝，用司马光吕公著，更革弊事。惇与宰相蔡确犹未去位，光复差役旧法，蔡京知开封府，用五日行差役于诸邑。惇言：保甲、保马一日不罢，有一日害。若役法，则熙宁初以遽改免役后有弊，今改差役当议论尽善，然后施行。遽改恐后亦有弊。乃于帘前与光争论，其言不逊。
章惇，口齿凌厉，大胆敢言，常常在朝堂之上让厚道却不善言辞的司马光颜面尽失。
苏轼情感上倾向司马光，政策上认同章惇，此时，他在新旧两党之间充当了缓冲的气阀。
《宋史·苏轼传》载:
神宗崩，哲宗立，复朝奉郎、知登州，召为礼部郎中。轼旧善司马光、章惇。时光为门下侍郎，知枢密院，二人不相合，惇每以谑侮困光，光苦之。轼谓惇曰: “司马君实时望甚重。昔许靖以虚名无实，见鄙于蜀先主，法正曰: ‘靖之浮誉，播流四海，若不加礼，必以贱贤为累’。先主纳之，乃以靖为司徒。许靖且不可慢，况君实乎?”惇以为然，光赖以少安。
司马光得苏轼之力，不致被章惇相逼太甚。可惜这样的局面没有维持太久，司马光于元祐元年（1086）九月初一，因病逝世，享年六十八岁。从此朝堂之上再无君子之争，洛党、蜀党、新党打成一团。混战中，苏轼兄弟深深伤害了章惇，苏轼章惇结下的梁子再无缓和余地了。
元祐初，旧党纷纷还朝，开始排挤新党，而这一行动的先锋便是苏轼的弟弟苏辙，他此时掌管言路，弹劾官员是他的使命所在，早在元祐元年二月二十七日，苏辙即上《乞选用执政状》云：“枢密使章惇，虽有应务之才，而其为人难以独任”，首论章惇，此状中还涉及了其他人，语气平和，还算不上攻击。闰二月十八日再上《乞罢章惇知枢密院状》，开始直接弹劾章惇:
臣窃见知枢密院章，始与三省同议司马光论差役事，明知光所言事节有疏略差误，而不推公心，即加详议，待修完成法然后施行，而乃雷同众人，连书札子，一切依奏。及其既已行下，然后论列可否，至纷争殿上，无复君臣之礼。然使因此究穷利害，立成条约，使州县推行更无疑阻，则惇之情状犹或可恕。今乃不候修完，便乞再行指挥，使诸路一依前件札子施行，却令被差人分户具利害实封闻奏。臣不知陛下谓惇此举其意安在，不过欲使被差之人有所不便，人人与司马光为敌，但得光言不效，则朝廷利害更不复顾。用心如此，而陛下置之枢府，臣窃惑矣……故臣乞陛下，早赐裁断，特行罢免，无使惇得行巧智以害国事。
这封奏折所言之事与苏轼颇有关系，同样是针对司马光罢停免疫法，苏轼和章惇的理念一致，苏辙应该也大致认同，但是奏状中，他攻击的方向不是理念而是态度。此后在弹劾其他人的奏章中苏辙都不同程度地捎带着继续攻击章惇，如三月十六日上《乞责降韩缜第八状》云: “夫缜与蔡确、章惇均是奸邪，皆能虐民乱国。章惇虽不能自引，而褊中易动，轻肆狂言……只如章惇之事，台谏久以为言。是时陛下若即付三省议其可否，则章惇之去留自出公议。陛下始既不忍，养成惇恶。”五月二十八日上《乞责降吕和卿状》“谨按金部员外郎吕和卿，本惠卿之弟，而章惇所荐。和卿始以奏补入仕，赋性愚騃，方其历任未成考第，而惇称其所至有声。当时士人无不窃笑。”八月八日上《言张璪札子》云: “昔王安石、吕惠卿首加擢用，被以卵翼之恩，收其鹰犬之效，与章惇等并结为死党。熙宁弊法，皆惇等所共成就。”每一次上奏，无论以何人为主体，章惇都涉其中。一来是章惇的确是新党的关键人物，二来不排斥有私人成见。
在苏辙的《乞罢章惇知枢密院状》后，苏轼于同年三月二十日上《缴进沈起词头状》:
臣伏见熙宁以来，王安石用事，始求边功，构隙四夷。王韶以熙河进，章惇以五溪用，熊本以泸夷奋，沈起、刘彝闻而效之，结怨交蛮，兵连祸结，死者数十万人……伏望圣明深念先帝永不叙用之诏，未可改易，而数十万人性命之冤，亦未可忽忘。明诏有司，今后有敢为起等辈乞叙用者，坐之。
这篇“词头”就章惇平定南蛮事进行论奏，与时论及苏轼本人之前持论明显不合，当年他可是为章惇的这些事功写过赞美诗的。平心而论，这种诛心之论有点仗势欺人的味道了，屁股决定脑袋，不止是一个人会这样的！苏轼也未能免俗……
在元祐旧臣的攻击下，章惇罢去。《宋史·章惇传》“哲宗即位……刘挚、苏辙、王觌、朱光庭、王岩叟、孙升交章击之，黜知汝州”。章惇被苏辙弹劾罢去，埋下了此后章惇报复苏轼兄弟的伏笔，也拉开了章惇与苏轼交恶的序幕，宋人施元之曾云: “子厚时知枢密院，以子由论罢，致怨。绍圣初相哲宗，东坡遂谪领海。”清人王文诰亦云: “公(指苏轼) 与章惇自来交厚，时子由既奏逐之，公复形于奏牍，自是为不解之雠矣。”施元之、王文诰所论比较公允。
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